Pada sisi yang lain Modernisasi juga telah secara pelan tapi pasti merubah kultur local menjadi lebih terbuka (inclusive) dengan mengikuti perubahan yang terjadi. Pada titik ini, Budaya lokal yang dianggap Sacred (suci) oleh masyarakat dan selalu dijadikan pijakan dalam setiap tindakannya lambat laun megalami pergeseran. Fakta ini mengindikasikan bahwa pada dasarnya manusia adalah dinamis sehingga arus perubahan yang masuk tidak di response dalam bentuk resistensi, namun sebaliknya masyarakat mencoba lebih terbuka (Open-Minded) dengan tradisi baru yang dianggap memberikan makna positif dalam rangka mendorong sebuah kemajuan. Lebih jauh fakta perubahan juga memungkinkan mereka untuk tidak tunduk pada tradisi lama yang di anggap tidak mendukung kemajuan.

Pesantren sebagai lembaga Islam traditional tertua di Indonesia juga telah melakukan transformasi, dimana perubahan tidak bisa di hindarkan oleh Institusi ini. Pesantren yang pada dasarnya merupakan Sub cultur dalam kehidupan setelah masyarakat, telah bergeser peranya tidak sekedar Lembaga yang mencetak Kyai atau Ulama dan intelektual muslim yang diharapkan dapat melanjutkan cita-cita para pendahulunya untuk memajukan Umat islam secara keseluruhan.

Perubahan dimaksud salah satunya adalah dapat kita lihat dari Pola hubungan Kyai-santri yang pada awalnya kita kenal bersifat Patron-Client yang mengandaikan pola hubungan Guru-Murid. Sebagai Seorang Guru, Kyai tidak hanya di kenal sebagai sosok yang mempuni dalam ilmu pengetahuan agamanya serta memiliki akhlakul karimah, namun pada sisi yang lain Kyai juga mempunyai pengaruh yang sangat luas di dalam masyarakat melalui Kharisma yang mereka miliki. Tak pelak, Kyai merupakan figure dambaan Umat dan senantiasa mendapat tempat yang mulia dan tinggi dalam struktur masyarakat.

Sebaliknya sebagai seorang Murid, Santri merupakan elemen Pesantren ke Empat (baca; Tradisi Pesantren) yang dalam kedudukannya lebih rendah dari Kyai dan sebagai pengikut Kyai yang harus senantiasa Taat, Tawaddu dan Hormat kepada gurunya. Santri dalam kehidupan sehari-harinya harus senantiasa mengikuti apa yang di titahkan (katakan/ ajarkan) oleh seorang Kyai. Mengapa santri harus tunduk dan patuh pada Kyai? Hal ini didasarkan atas asumsi bahwa Kyai merupakan sumber ilmu pengetahuan di Pesantren dan Penjaga moral santri (Moral Guided), sehingga tidak patuh terhadap Kyai berarti mereka (santri) telah merusak tradisi pesantren yang telah dibangun ribuan tahun lamanya dan hal ini akan dianggap sesuatu yang deviant (tidak wajar).

Bagaimanapun, arus modernisasi sebagaimana di singgung diatas telah sedikit banyak membawa pergeseran pada peran Kyai dan santri di Pesantren sehingga Kultur yang selama ini tumbuh subur kemudian mengalami degradasi akibat perkembangan global.

Perubahan relasi Kyai –santri dapat kita lihat dalam ketundukan seorang Santri yang mulai berkurang sebagai diakibatkan oleh bergesernya peran Kyai di dalam pesantren maupun Masyarakat. Sosok Kyai yang dahulu di segani dan berpengaruh karena memiliki kharisma yang jarang dimiliki orang lain, mulai bergeser ketika mereka merambah kewilayah politik dengan ikut berperan dalam kegiatan politik praktis.

Pada sisi yang lain, seiring dengan demokratisasi di Indonesia dan kesempatan pendidikan yang tinggi oleh santri, banyak komunitas santri yang mulai tercerahkan dimana hal ini bisa kita lihat dari cara berpikir mereka yang kritis, independent dan kreatif. Hal ini tenyata berimbas terhadap hubungan Kyai-Santri yang tidak lagi seperti dahulu dimana saat ini Santri telah berani mengkritisi apapun yang dilakukan Kyainya yang dianggap melenceng. Kharisma yang di anggap sebagai senjata ampuh untuk mempengaruhi santri juga pada tataran tertentu tidak lagi menemukan relevansinya pada saat sekarang. Sehingga praktis, Kyai sekarang sudah mulai kehilangan pengaruhnya akibat dari perannya dalam politik praktis. Konflik Gusdur-Muhaimin dalam tubuh PKB bisa kita analogikan sebagai salah satu contoh melenturnya hubungan kyai-santri sebagai akibat ratio excess irratio atau cara berfikir logic dalam kerangka rationalitas menjadi faktor determinant dalam memutuskan segala hal dari pada hubungan kekerabatan (Kinship relationship) yang telah lama mengakar dalam kultur pesantren. Mengeroposnya unsur irratio yang dalam beberapa hal mendasari hubungan Kyai-Santri ini merupakan sebuah refleksi dari fenomena bahwa hubungan kyai-santri saat ini sedang mengalami perubahan.